North Spore a eu le plaisir de participer au 43e Telluride Mushroom Festival annuel à Telluride, au Colorado, à la fin du mois dernier. Parmi les nombreuses sommités mycologiques présentes se trouvait Alan Rockefeller, photographe et expert en séquençage d'ADN et en microscopie. Nous nous sommes entretenus avec lui pour qu'il nous fasse part de ses 20 années de collecte, de documentation et d'étude de champignons principalement trouvés en Amérique du Nord. Cette interview a été éditée et condensée pour plus de clarté. Pour la version intégrale, regardez la vidéo ci-dessous !
Lou : Merci d'avoir accepté de nous parler, Alan. Qui êtes-vous et que faites-vous ?
Alan : Je suis Alan Rockefeller et j'étudie les champignons. Je fais principalement de la photographie, du code-barres ADN et de la microscopie. J'aime beaucoup l'identification des champignons, la taxonomie et la documentation de tous les champignons, en particulier les espèces rares ou inhabituelles, ou même d'essayer d'obtenir la meilleure image possible de quelque chose de commun.
Lou : Qu'est-ce qui vous a amené à cela au départ ?
Alan : Je pense que c'était le jour de Noël 2001, et je me promenais dans les bois et il y avait des champignons partout. Je me suis dit : « Wow, certains doivent être toxiques, d'autres probablement hallucinogènes, d'autres encore comestibles. Il doit y avoir des gens qui savent ce que c'est. »
Mais je ne savais pas qui étaient ces gens ni comment les joindre. Alors j'ai commencé à les regarder de plus près. J'ai toujours été plutôt passionné par la nature et j'ai beaucoup fait de randonnée, mais à ce moment-là, je travaillais dans la technologie et j'avais du mal à justifier tout le temps que je passais dans la nature parce que, bien sûr, c'est un bon exercice, mais que fais-je vraiment de ma vie là-bas ?
Alors, j'ai commencé à prêter plus d'attention aux champignons, et après un certain temps, je me suis dit : « Au lieu de simplement perdre mon temps à marcher sur ces sentiers, je devrais avoir un objectif. » [Cet objectif est devenu] essayer d'apprendre ces champignons, essayer d'obtenir la meilleure photo possible de tous les champignons. Et puis j'ai eu l'impression que je faisais vraiment bon usage de mon temps dans les bois.
Lou : Tout le monde aime passer du temps dans les bois, vous avez donc trouvé une excellente façon de le justifier. Et au fil des ans, vous avez apporté des contributions très importantes au domaine de la mycologie. Pouvez-vous nous parler un peu de certaines des découvertes que vous avez faites ?
Alan : On fait des découvertes tous les jours dans les bois.
Une fois que vous savez lesquels sont intéressants et lesquels sont rares, lesquels ont des noms et lesquels n'en ont pas, vous pourriez découvrir 30 ou 50 nouvelles espèces en un après-midi. Cela peut sembler beaucoup, car pour un botaniste, s'il découvre deux ou trois nouvelles espèces de plantes dans sa vie, c'est un bon botaniste.
Ce que j'aime faire, c'est essayer d'en obtenir la meilleure image possible, puis de la diffuser dans le domaine public. Ensuite, obtenir une bonne séquence d'ADN qui va avec cette collection que j'ai photographiée, (puis de mettre cette) séquence d'ADN dans la GenBank afin qu'elle soit accessible au public pour toujours.
Je mets ces photos sur Mushroom Observer, iNaturalist et Wikipedia. Ce sont des sites de mycologie de science citoyenne. Quant à Wikipedia, lorsque le grand public veut une bonne image de l'espèce, il peut être sûr qu'elle est correctement identifiée.
J'aime vraiment combiner la séquence d'ADN avec une microscopie de qualité. Alors, vous mettez tout cela ensemble et vous obtenez une image vraiment approfondie de ce qu'est cet organisme, et puis la prochaine fois que vous le voyez, vous ressentez tellement plus une connexion avec lui. C'est comme revoir un vieil ami.
Lou : Il y a un genre particulier sur lequel vous avez beaucoup travaillé et qui a beaucoup de sens pour les gens, et c'est le psilocybe. Pouvez-vous nous parler un peu de votre travail avec le psilocybe en particulier ?
Alan : Tout le monde aime les psilocybes parce qu'ils sont mystérieux, hallucinogènes et qu'ils ont de nombreux bienfaits médicinaux. Ils sont également sous-étudiés, surtout dans le sens moderne avec le séquençage d'ADN.
Il y a beaucoup de psilocybes [sauvages] que nous connaissons très peu. De nombreuses espèces ont été décrites il y a 100 ans et il n'y a pas de photo d'elles, ou la seule photo existante est en noir et blanc. C'est vraiment amusant d'aller dans ces endroits où ils ont été vus il y a 60 ans et d'en obtenir une photo moderne, d'obtenir des séquences d'ADN dans la GenBank et de vérifier que c'est bien ce que je pense être avec une microscopie de haute qualité.
Le psilocybe est intéressant à étudier pour de nombreuses raisons. L'une d'elles est que les gens aiment le psilocybe et cela attire beaucoup de monde vers la mycologie. Mon objectif principal est donc d'amener les gens à s'engager davantage avec la nature.
Et cela a un effet vraiment profond. Ils doivent aller dans ces habitats fous pour trouver des psilocybes. Et au moment où ils les trouvent, ils sont déjà accros à tous les champignons et ils commencent à s'intéresser vraiment aux Russula et aux Psathyrella parce qu'ils commencent à remarquer les différences entre tout.
Ils réalisent que les choses qu'ils voient lors de leurs voyages sont rares et sous-étudiées et cela ouvre une véritable boîte de Pandore. Beaucoup de gens m'ont dit que j'avais vraiment changé leur vie.
Certaines personnes disent qu'elles étaient sur une mauvaise pente, peut-être qu'elles expérimentaient ou étaient dépendantes de drogues dures, voire qu'elles étaient impliquées dans le crime. Mais ensuite, elles ont commencé à passer beaucoup de temps dans la nature et cela les a éloignées de tout cela. Maintenant, toute leur vie est consacrée à passer du temps dans les bois, au camping, à la photographie, et ce genre de choses.
C'est beaucoup plus épanouissant qu'une vie où l'on essaie de planer tout le temps ou de prendre des choses aux gens ou quoi que ce soit de ce genre. Il me semble que c'est vraiment bon pour l'âme d'être beaucoup dans la nature. Je pense que c'est inscrit dans notre ADN. Tout ce que les humains font est inscrit dans notre ADN, le bon comme le mauvais, mais être dans la nature, cela fait ressortir le bon côté de l'humanité.
Lou : Parlez-nous un peu de votre façon d'aborder la prise de bonnes photographies.
Alan : Je prends des photos depuis, je ne sais pas, 2003 et tout mon travail avant 2010 est complètement inutilisable. Quand j'apprends aux gens à prendre de bonnes photos, parfois je cherche mes premières photos pour leur montrer ce qu'il ne faut pas faire.
J'ai appris à prendre de bonnes photos simplement en prenant beaucoup de très mauvaises photos, et mes photos n'ont commencé à ressembler à ce que je voulais vraiment qu'elles soient que lorsque j'ai commencé à utiliser la superposition de focus.
La superposition de focus consiste à combiner un grand nombre d'images en une seule image finale, et cela plie vraiment les lois de la physique de plusieurs manières différentes. Cela facilite la tâche aux personnes qui ne sont pas des experts en photographie pour prendre des photos incroyables. Avant la superposition de focus, je devais apprendre aux gens à régler l'ISO et l'ouverture correctement.
Alors qu'avec la superposition de focus, vous posez l'appareil photo, vous appuyez sur le bouton, puis vous rassemblez toutes les images et vous les assemblez dans l'ordinateur. Même si c'est la première image que vous superposez, elle aura l'air incroyable. La raison pour laquelle elle a l'air incroyable est que l'ouverture est complètement ouverte et l'ISO est au minimum.
Et bien sûr, il est très important de trouver de bons champignons. Photographiez des spécimens de haute qualité qui ne sont pas desséchés, idéalement à plusieurs stades de développement. Même s'il ne s'agit que d'un seul champignon et que vous photographiez le ciel, s'il est empilé au point et s'il est bien éclairé, il aura l'air incroyable.
Mycena sanguinolenta poussant sur un cône de Pinus radiata de l'île du Nord de la Nouvelle-Zélande
Lou : Qu'est-ce qu'un mycologue doit voir pour identifier un champignon ? J'ai été cette personne qui a envoyé une photo à un expert et c'était un chapeau flou. C'est comme ça que j'ai commencé aussi. Alors, à quoi les gens devraient-ils penser lorsqu'ils photographient des champignons ?
Alan : Pour communiquer réellement par des photos ce qu'est un champignon, il est important de prendre une photo in situ. Cela signifie qu'avant de le cueillir, prenez-le en photo.
@alan_rockefeller Spore microscopy part 3 #microscopy #mycology #spores #mushtok ♬ original sound - Alan_Rockefeller
La deuxième chose la plus importante est la face inférieure (ex. lamelles, pores, plis, etc.). Le simple fait de pouvoir voir la face inférieure, surtout celle d'un champignon mature, est important [pour l'identification]. Lorsque vous l'obtenez, vous ne voulez pas la couper. Vous voulez faire sortir le champignon par le dessous. Si vous ne faites que saisir le pied, vous laisserez généralement une grosse empreinte dessus.
La couleur des lamelles d'un champignon mature correspondra à la couleur de la sporée, sauf s'il s'agit d'un champignon à spores blanches. Le fait de pouvoir observer un grand nombre de champignons différents et de voir comment les lamelles changent de couleur à mesure que les spores mûrissent, vous donne beaucoup d'informations sur ce qu'il est réellement.
[Enfin] j'aime avoir plusieurs spécimens différents et plusieurs stades de développement différents dans un même cadre. De cette façon, vous pouvez voir en une seule image tous les différents stades de développement, à quoi il ressemble au début, à quoi il ressemble quand il est presque pourri, et tout ce qui se trouve entre les deux.
Lou: Outre la photographie, vous avez mentionné le séquençage de l'ADN. Le séquençage de l'ADN, associé à une bonne photographie, est le moyen le plus précis d'identifier et d'examiner les spécimens fongiques. En quoi consiste ce processus ?
Alan: La microscopie était autrefois le moyen d'identifier les choses, mais cela prend tellement de temps et demande beaucoup d'expérience pour obtenir des informations utiles. Le séquençage de l'ADN est un bien meilleur moyen d'identifier les champignons et c'est en fait assez facile. C'est plus difficile que de cuire des œufs, mais c'est plus facile que de faire du pain.
[D'abord] je prends la meilleure photo possible et ensuite je la laisse généralement sur mon tableau de bord pendant trois ou quatre jours jusqu'à ce qu'elle soit complètement sèche. Vous pouvez aussi utiliser un déshydrateur alimentaire ou simplement la laisser à une fenêtre, selon ce que c'est.
J'aime ces extractions d'ADN très rapides. Je mélange quelques produits chimiques, généralement une base comme l'hydroxyde de sodium et des stabilisateurs comme l'EDTA (acide éthylènediaminetétraacétique) et un tampon comme le tris. [Ensuite] vous prenez juste un petit morceau du champignon, peut-être un ou deux milligrammes et le mettez dans un petit tube avec un peu de votre tampon d'extraction et vous le chauffez pendant quelques minutes. Ensuite, une partie de l'ADN sera en solution.
[Ensuite] vous effectuez une réaction chimique appelée PCR, une réaction en chaîne par polymérase. Et ce que cela fait, c'est que cela amplifie un certain gène, le double, le copie des milliards de fois. Le génome entier du champignon mesure environ 40 millions de paires de bases. C'est donc un livre de 40 millions de caractères.
Vous obtenez des milliards de copies de ce petit gène. Et il y a certains gènes que nous utilisons plus que d'autres. Le plus courant est l'ITS ou Internal Transcribed Spacer. Ce gène est génial parce qu'il ne fait absolument rien, mais il est très variable entre les espèces. Je prends donc un peu de cet extrait de champignon, le jette dans une réaction PCR avec des amorces ITS et quelques heures plus tard, c'est fait.
Ensuite, je peux soit faire une électrophorèse sur gel pour voir si ça marche, soit simplement sauter cette étape et l'envoyer au séquençage Sanger. Il y a des laboratoires partout dans le pays qui ne font que du séquençage Sanger. Ils prennent l'ADN de toutes sortes de laboratoires, d'hôpitaux et de tout type d'endroit qui utilise la PCR. Vous pouvez le faire à la maison, mais ce n'est pas recommandé car les produits chimiques sont chers si vous ne les achetez pas en grande quantité et les machines nécessitent beaucoup d'entretien.
Ce que je fais, c'est que j'effectue la PCR – si je la fais le matin, je remplis le formulaire de commande vers midi et ensuite vers 14h-15h, quelqu'un passe chez moi pour les échantillons et je les sors du congélateur et je les lui donne. Vers minuit, les résultats arrivent et cela me coûte environ 5 ou 6 dollars par échantillon.
C'est presque gratuit comparé à la qualité des données. Le plus important, c'est que cela relie les collections entre elles. Si l'holotype (un seul spécimen type sur lequel est basée la description et le nom d'une nouvelle espèce) d'un spécimen a été séquencé et que vous avez une séquence d'holotype, si votre séquence correspond à l'holotype, alors vous savez exactement de quoi il s'agit.
Vous êtes donc lié à l'holotype. Plus souvent, il n'y a pas de séquence d'holotype, donc cela demande un peu plus de réflexion. Ce que cela fera certainement, c'est de vous dire que la chose que vous avez trouvée est exactement la même que la chose que quelqu'un d'autre a trouvée. Vous pouvez donc voir où cette chose se produit sur la carte.
Ensuite, vous pouvez commencer à réfléchir aux noms que les gens appliquent habituellement à cela et à la partie du monde d'où cela a été décrit. Et si l'une de vos correspondances de séquence provient de cette partie du monde. Si ce n'est pas le cas, vous avez soit découvert une nouvelle espèce, soit c'est l'une de ces espèces oubliées. Et vous pouvez démêler cela avec la microscopie et approfondir la littérature.
Le code-barres ADN est très efficace, mais si le code-barres ADN ne me donne pas la réponse, alors je me penche sur la microscopie. Le problème avec les microscopes, c'est que c'est très chronophage. La façon dont j'ai appris est la mauvaise façon de le faire, c'est-à-dire de s'asseoir avec le microscope pendant quelques heures par jour pendant plusieurs années. Ce que vous devriez faire, c'est simplement parler à un expert qui peut vous dire comment faire ou rejoindre un groupe Facebook comme Fungal Microscopy ou quelque chose comme ça.
Mais en tout cas, si vous voulez vraiment avoir une vue d'ensemble, vous combinez la photo de haute qualité avec le code-barres ADN et les informations microscopiques, et alors vous comprenez vraiment ce que vous avez trouvé.
Lou: Parlez-nous un peu plus de la façon dont quelqu'un qui débute dans ce domaine peut vraiment faire la différence et ne pas simplement transformer ce passe-temps en un travail réel qui fait avancer la science.
Alan: C'est l'une des choses vraiment géniales de la mycologie. Les gens qui n'ont aucune formation scientifique peuvent réellement faire une grande différence parce qu'il y a tant à découvrir et il n'y a pas beaucoup de gens qui sont payés pour faire ces découvertes.
Si vous voulez faire une grande différence en mycologie, tout ce que vous avez à faire est d'aller dans les bois et de cueillir des champignons, mais au lieu de tout jeter dans un panier, vous [pouvez] prendre de bonnes photos d'eux et documenter soigneusement toutes les caractéristiques qui n'apparaissent pas sur votre photo. Il s'agit généralement du goût, de l'odeur, des arbres à proximité et des réactions chimiques.
Ensuite, mettez-le dans une boîte à outils ou un Tupperware et ramenez-le, téléchargez ces photos sur Mushroom Observer ou iNaturalist pour créer un registre permanent de la biodiversité, puis séchez ces champignons et envoyez-les à quelqu'un qui fait du code-barres ADN.
Lactaire indigo (Lactarius indigo) photographié par Alan Rockefeller et disponible sur iNaturalist
Une fois que vous avez le code-barres ADN, vous pouvez vraiment voir : « Est-ce courant ? Est-ce qu'il a un nom ? Dois-je faire plus de recherches à ce sujet ? » Et puis pour vos collections, vous pouvez les donner à un herbier (fungarium).
C'est une bibliothèque pour les champignons, mais ils conservent les champignons séchés pour toujours. Et la plupart des choses dans les herbiers n'ont pas de bonnes photos et la plupart d'entre elles n'ont pas de séquences d'ADN. Donc, si vous pouvez avoir de très bonnes photos et y attacher une séquence d'ADN, alors vos collections d'herbier auront beaucoup plus de valeur que la plupart de ce qu'ils ont.
Très souvent, après avoir vraiment approfondi la microscopie et le code-barres ADN, vous réalisez que c'est une nouvelle espèce, ou peut-être que c'est plus évident que cela, et vous le verrez et direz : « Oui, c'est une nouvelle espèce. »
Vous n'avez pas besoin d'avoir des diplômes universitaires pour publier une nouvelle espèce. Vous n'avez même plus besoin de passer par une évaluation par les pairs. Vous pouvez simplement faire une collection, la documenter très bien et la publier, et les gens utiliseront ce nom pour l'éternité.
Lou: C'est incroyable. J'espère que beaucoup plus de gens suivront ce conseil et commenceront à le faire.
Alan: Et c'est quelque chose que nous devons absolument faire, car un très grand pourcentage des champignons que nous trouvons n'ont pas de nom et nous avons besoin de noms pour eux afin de pouvoir communiquer ce que nous avons trouvé.
Par exemple, si vous trouvez ce champignon et que vous l'analysez en utilisant la chimie analytique. Vous le passez à travers un spectromètre de masse, vous trouvez un nouveau médicament sympa ou une molécule précieuse. Vous devez être capable de communiquer de quel champignon il s'agit. S'il s'agit d'une des espèces sans nom, ce qui est très probable, vous ne pouvez pas vraiment communiquer cela efficacement. Nous avons donc besoin de noms pour tous les champignons.
Aussi, juste pour la conservation. S'il y a un champignon rare qui n'a pas de nom, vous ne pouvez pas vraiment dire : « Oh, cette forêt doit être protégée parce que cette chose n'y existe que là. » Si vous donnez un nom à quelque chose et que vous dites ensuite, d'accord, cette espèce n'a été trouvée que dans ce petit endroit, vous ne devriez probablement pas abattre cet endroit.
Vous savez, cela a un réel poids.
Lou: Pensez-vous que vous travaillerez avec les champignons pour le reste de votre vie ?
Alan: Je pense que c'est la meilleure utilisation de mon temps. Vous savez, avant je travaillais dans la sécurité informatique, beaucoup d'effraction dans les ordinateurs et de piratage, et c'était vraiment amusant. Mais je n'avais pas l'impression d'utiliser mon temps à bon escient, de ne pas vraiment changer le monde de quelque manière que ce soit.
Alors qu'avec les champignons, je pense que je peux mieux utiliser mon temps. Je peux passer beaucoup de temps dehors. C'est beaucoup plus intéressant que les ordinateurs. Donc oui, je pense que j'étudierai les champignons pour toujours.
Lou: Nous apprécions le travail que vous faites. Cela fait une énorme différence. Merci d'avoir discuté avec nous.
Alan : Merci de m'avoir invité.