Contaminations courantes dans la culture des champignons

En tant que partie végétative des champignons, le mycélium se compose d'un réseau de filaments fins et ramifiés appelés « hyphes ». Dans la nature, le mycélium est invisible car il existe sous terre ou à l'intérieur du bois en décomposition. En culture à domicile, c'est la croissance blanchâtre que nous voyons sur les blocs de substrat, les plaques et les bocaux. Le mycélium peut apparaître transparent ou opaque, bosselé, moelleux, cristallin, en toile d'araignée, velu, filandreux, filamenteux ou grumeleux et excrète souvent un liquide jaune inodore appelé exsudat. Également appelé urée de champignon ou pipi de champignon, sa présence est une partie naturelle de la croissance et du métabolisme, mais peut parfois signifier que le mycélium est attaqué ou travaille dur pour contrecarrer un rival pour sa source de nourriture. Prenez le temps d'apprendre à quoi doit ressembler votre mycélium afin de mieux identifier les zones malsaines ou contaminées.

Alors que le mycélium est généralement blanc et filamenteux, la contamination prend généralement la forme de taches vertes, bleues, grises ou noires ou de décolorations dans votre substrat. Gardez à l'esprit que les taches bleues sur certains types de mycélium peuvent simplement être des ecchymoses naturelles et non une contamination, surtout si le substrat presse le mycélium contre le verre ou le plastique. Une astuce simple pour déterminer si votre décoloration est une contamination ou non est de frotter doucement un coton-tige dessus, car la contamination se transférera sur le coton-tige tandis que les ecchymoses ne le feront pas. Outre la décoloration, la contamination peut prendre la forme de taches visqueuses sur votre substrat et peut être le résultat d'un excès d'humidité qui peut favoriser la croissance bactérienne indésirable.

Le Trichoderma est un groupe de moisissures vertes que l'on trouve dans tous les sols, plusieurs espèces ayant la capacité de former des relations symbiotiques avec les plantes et leurs racines. Une espèce en particulier, le Trichoderma harzianum, est l'une des formes de contamination les plus courantes observées dans la culture des champignons. Cette moisissure produit un mycélium blanc qui recouvre rapidement les substrats avant de produire des structures sporifères vert émeraude. Au stade mycélien, il peut être difficile à détecter car il ressemble au mycélium de champignon. Contrairement au mycélium de champignon, qui a une apparence plus cordée et reste serré sur le substrat, le Trichoderma a une apparence duveteuse qui s'élève du substrat.

Le Trichoderma peut se développer à n'importe quel stade du processus de culture et cause de nombreux problèmes en se nourrissant des espèces désirées en culture. Si une contamination par le Trichoderma est détectée, l'isolement est essentiel. Le retrait et l'élimination du substrat contaminé doivent avoir lieu immédiatement avant qu'il ne se propage à d'autres substrats, y compris les sacs de culture, les bocaux et les monotubes. Lavez les outils affectés avec une solution d'eau de Javel ou de l'alcool pour tuer les spores. S'il n'est pas traité, le Trichoderma est difficile à contrôler et peut anéantir une récolte entière.

Plusieurs mesures peuvent être mises en œuvre pour prévenir l'infestation par le Trichoderma avant qu'elle n'apparaisse, notamment une circulation d'air et une ventilation accrues, le maintien d'un environnement de culture propre et désinfecté, et la surveillance régulière de votre exploitation pour détecter les signes de contamination. Toujours pratiquer une technique stérile appropriée et stériliser entièrement les substrats avant l'inoculation. Malheureusement, la meilleure méthode de contrôle une fois que le Trichoderma est détecté est d'abandonner votre exploitation, de nettoyer en profondeur et de recommencer.

La moisissure orange du pain, la moisissure rouge du pain ou la moisissure rose sont des noms alternatifs pour Neurospora crassa, un autre contaminant fongique courant et à croissance extrêmement rapide. Bien qu'utilisée pendant des décennies dans la recherche génomique, cette moisissure orange fluo peut faire des ravages sur votre exploitation en aussi peu que 8 à 12 heures. Elle apparaît d'abord comme une tache orange-blanche, mais se transforme rapidement en une tache poudreuse orange vif.

Si on la laisse se développer, ces taches produisent des formations rondes et grumeleuses, mais il est préférable de détecter le champignon avant ce stade. Une fois détectée, maîtrisez la source en la scellant dans un sac en plastique et en la jetant immédiatement, en veillant à ne pas perturber la moisissure car elle libérerait un fin nuage de spores orange dans l'air qui peut se propager rapidement. Après l'élimination, désinfectez la zone affectée et inspectez votre espace de travail pour trouver la source, qui pourrait inclure du marc de café jeté, du compost ou du bois humide non traité.

La forme la plus courante de contamination bactérienne dans la culture des champignons est connue sous le nom de « tache humide » ou « pourriture aigre ». Elle se caractérise par une substance visqueuse gris terne avec une odeur aigre qui apparaît excessivement humide ou mucilagineuse et se forme souvent dans des zones non colonisées le long du fond des bocaux de céréales. Leurs structures reproductives sont appelées endospores, qui sont résistantes à la chaleur, ce qui signifie qu'elles survivront au processus de stérilisation. Pour l'éviter, les grains peuvent être trempés pendant 12 à 24 heures à température ambiante avant la stérilisation, permettant aux endospores à l'intérieur du grain de germer et d'être éliminées pendant la stérilisation.

Si la contamination est rencontrée, il est possible de la séparer du reste des grains mycéliés (tant que la tache est petite et confinée à une seule zone) en retirant physiquement la tache à l'aide d'une cuillère désinfectée à l'alcool ou stérilisée à la flamme. Cela peut également avoir lieu dans une monotub avec une tache de contamination isolée où l'exsudat de champignon a rendu la zone affectée jaune, indiquant une tentative du champignon de combattre les bactéries rivales.

La moisissure de la toile d'araignée (Hypomyces rosellus) est une autre espèce de champignon nuisible que l'on peut rencontrer dans la culture des champignons, en particulier dans les environnements à air stagnant, très peu d'oxygène et une humidité élevée tels que les bocaux de céréales et les monotubs. Elle peut être difficile à détecter en raison de son apparence grise, blanche et duveteuse qui ressemble au mycélium, mais son mode de croissance est plus tridimensionnel, semblant planer au-dessus du substrat en touffes blanches et fines. De plus, cette moisissure se forme souvent dans les derniers jours de l'incubation, lorsque les substrats sont entièrement colonisés juste avant la fructification. La moisissure de la toile d'araignée se propage rapidement : une petite tache de la taille d'une pièce d'un centime peut se développer pour couvrir un bocal ou un monotub entier en 24 à 48 heures. Tous les champignons du groupe Hypomyces vivent comme parasites sur d'autres champignons, donc si elle n'est pas traitée, l'infection peut entraîner l'avortement de la croissance des champignons en formation et la pourriture des champignons matures.

Les cultivateurs peuvent prévenir la moisissure de la toile d'araignée en réduisant l'humidité dans leurs chambres de culture et leurs monotubs, ce qui peut être réalisé en portant une attention particulière à l'hydratation du substrat et en améliorant l'échange d'air frais (EAF) ou en ventilant physiquement votre chambre de culture ou votre monotub plusieurs fois par jour si vous êtes déjà au stade de la fructification. Si elle est détectée tôt, la moisissure de la toile d'araignée peut être contrôlée avec une solution de peroxyde d'hydrogène à 3 % pulvérisée sur la zone infectée. Après l'application directe, imbiber une serviette en papier de peroxyde d'hydrogène et la placer sur la zone affectée est utile pour contrôler la future contamination par la toile d'araignée, en plus de la contamination par le trichoderma et les bactéries.

Également appelée moisissure à épingles, la moisissure noire du pain (Rhizopus stolonifer) est un contaminant des champignons que l’on trouve couramment dans le sol et l’air, et elle est l’une des premières moisissures à apparaître sur le pain rassis. Ce champignon à croissance rapide a un mycélium dense qui est blanc au début et devient gris, puis prend une apparence noire. Similaire à la moisissure en toile d’araignée, la moisissure noire du pain est filandreuse, mais développe de minuscules points noirs à l’extrémité de son mycélium où ses spores sont produites.

Les animaux nuisibles tels que les moucherons des champignons et les mouches des fruits sont les vecteurs des spores de cette moisissure. Les pulvérisations de peroxyde d’hydrogène peuvent aider à contenir la propagation précoce de la plupart des moisissures, y compris celle-ci, mais une fois que la moisissure atteint le stade où elle est facilement identifiable, il peut être trop tard pour la culture. À ce stade, la meilleure façon de la gérer est de l’abandonner et de recommencer.